Pengaturan mengenai struktur organisasi dan tata kerja BHP pertama kali diatur dalam Keputusan Menteri Kehakiman Nomor M.01.PR.07.01-80 tahun 1980 tanggal 19 Juni 1980 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Harta Peninggalan. Seiring berjalannya waktu, struktur organisasi dan tata kerja BHP tersebut diperbaharui dengan Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor 7 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Harta Peninggalan juncto Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia RI Nomor 30 tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia juncto Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia RI Nomor 28 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia.
Berdasarkan ketentuan Pasal 1 Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor 7 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Harta Peninggalan disebutkan bahwa BHP adalah unit pelaksanaan teknis instansi pemerintah yang secara teknis substantif berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Administrasi Hukum Umum melalui Kepala Divisi Pelayanan Hukum dan Hak Asasi Manusia dan secara administratif serta fasilitatif berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia melalui Kepala Divisi Pelayanan Hukum dan Hak Asasi Manusia sesuai dengan tempat kedudukannya.
Pasal 1 ayat (2) Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia RI Nomor 7 tahun 2021 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Balai Harta Peninggalan mengatur bahwa BHP dipimpin oleh seorang Kepala, selanjutnya dalam Pasal 4 ayat (1) diatur bahwa Susunan Organisasi BHP terdiri dari :
- Sub Bagian Umum;
- Seksi Harta Peninggalan Wilayah I;
- Seksi Harta Peninggalan Wilayah I;
- Seksi Harta Peninggalan Wilayah II;
- Seksi Harta Peninggalan Wilayah III;
- Kelompok Jabatan Fungsional.
Bagan Susunan Struktur Organisasi BHP diatur dalam Lampiran II Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia RI Nomor 7 tahun 2021 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Balai Harta Peninggalan, yaitu sebagai berikut :
